원천징수이행상황신고서를 잘못 제출했다면 신고구분의 수정란에 표시해 다시 제출하고, 부족한 세액이 있으면 함께 납부합니다. 원천징수분에는 무신고가산세와 과소신고가산세가 적용되지 않고 「국세기본법」 제47조의5의 원천징수 등 납부지연가산세만 부과됩니다. 가산세는 미납세액의 100분의 3과 기간에 따른 이자 상당액을 합한 금액이며, 납부고지를 받기 전에 자진납부하는 단계에서는 미납세액의 100분의 10이 한도입니다.
어떤 경우에 수정신고를 하나요?
납부할 세액이 달라지는 오류와, 세액은 같지만 귀속이나 소득구분이 잘못된 오류 모두 대상입니다. 세액이 같아도 귀속연월이 틀리면 연말정산과 지급명세서가 함께 어긋나므로 정정해야 합니다.
| 오류 유형 | 세액 변동 | 수정 이유 |
| 소득 지급을 누락 | 증가 | 부족 세액 납부 필요 |
| 간이세액표 적용 오류 | 증가 또는 감소 | 징수세액 정정 |
| 귀속연월을 잘못 기재 | 없음 | 연말정산·지급명세서 대사 |
| 소득구분을 잘못 기재 | 없음 | 지급명세서 종류 불일치 |
| 인원수 오기 | 없음 | 명세와 지급명세서 대사 |
세액이 같아도 정정해야 하는 경우
- 귀속연월 오류: 연말정산 대상 연도가 바뀌어 근로자의 소득세가 달라짐
- 소득구분 오류: 제출해야 할 지급명세서의 종류와 기한이 달라짐 → 납부세액에 변동이 없어도 대사 자료가 어긋나면 사후검증 대상이 됩니다
원천세에는 어떤 가산세가 적용되나요?
「국세기본법」 제47조의5의 원천징수 등 납부지연가산세만 적용됩니다. 원천징수는 과세표준을 신고하는 절차가 아니라 징수한 세액을 납부하는 절차이므로, 과세표준 신고를 전제로 하는 제47조의2 무신고가산세와 제47조의3 과소신고가산세는 적용되지 않습니다.
일반 납부지연가산세와도 중복되지 않습니다. 「국세기본법」 제47조의4 제4항은 제47조의5에 따른 가산세가 부과되는 부분에 대해서는 국세의 납부와 관련한 제47조의4 가산세를 부과하지 않도록 정하고 있습니다.
| 가산세 | 원천세 적용 | 근거 |
| 무신고가산세 | 적용되지 않음 | 국세기본법 제47조의2 |
| 과소신고가산세 | 적용되지 않음 | 국세기본법 제47조의3 |
| 납부지연가산세(일반) | 적용되지 않음(중복 배제) | 국세기본법 제47조의4 제4항 |
| 원천징수 등 납부지연가산세 | 적용됨 | 국세기본법 제47조의5 |
부가가치세와 구조가 다릅니다. 부가세 예정신고 누락분은 확정신고에 반영하면 과소신고가산세가 발생하고 「국세기본법」 제48조 제2항에 따른 감면을 받을 수 있지만, 원천세는 과소신고가산세 자체가 없으므로 그 감면 규정을 그대로 적용하기 어렵습니다. 다만 같은 조 제1항의 정당한 사유에 따른 부과 제외는 모든 가산세에 적용되므로, 개별 사안의 감면 가능 여부는 관할 세무서에 확인하시기 바랍니다.
가산세는 얼마나 나오나요?
미납세액의 3%에 기간에 따른 이자 상당액을 더해 계산합니다. 「국세기본법」 제47조의5 제1항은 미납세액의 100분의 3에 상당하는 금액과, 미납세액에 법정납부기한 다음 날부터 납부일까지의 기간과 대통령령으로 정하는 이자율을 곱한 금액을 합산하도록 정하고 있습니다.
(주)노을전자 사례 — 2026년 5월 지급분에서 사업소득 원천징수세액 2,000,000원을 누락하고, 2026년 9월 10일에 수정신고와 함께 납부한 경우입니다.
| 항목 | 내용 |
| 법정납부기한 | 2026.6.10.(수) |
| 실제 납부일 | 2026.9.10.(목) |
| 경과일수 | 92일 |
| 미납세액 | 2,000,000원 |
① 기본분: 2,000,000 × 3% = 60,000원 ② 기간분: 2,000,000 × 92일 × 22/100,000 = 40,480원 합계 가산세 100,480원
한도는 미납세액의 10%인 200,000원이므로 한도에 걸리지 않습니다. 실제 납부액은 본세 2,000,000원에 가산세 100,480원을 더한 2,100,480원입니다.
이자율은 「국세기본법 시행령」이 정하며 개정될 수 있으므로, 계산 전에 현행 이자율을 확인하시기 바랍니다.
늦어질수록 얼마나 늘어나나요?
기본분 3%는 고정이고 기간분만 늘어납니다. 자진납부 단계의 한도가 10%이므로, 기간분이 7%에 도달하는 시점부터는 더 늘지 않습니다.
1일 10만분의 22를 기준으로 하면 기간분이 7%에 이르는 데 약 319일이 걸립니다. 즉 법정납부기한이 지난 뒤 약 10개월 반이 지나면 자진납부 단계에서는 가산세가 더 늘지 않습니다.
| 경과일수 | 기본분 | 기간분 | 합계 |
| 30일 | 3.00% | 0.66% | 3.66% |
| 92일 | 3.00% | 2.02% | 5.02% |
| 180일 | 3.00% | 3.96% | 6.96% |
| 319일 이후 | 3.00% | 7.00%(한도) | 10.00% |
자진납부와 고지의 차이
- 자진납부: 기본분과 고지일까지의 기간분을 합해 미납세액의 10%가 한도
- 납부고지 후 계속 미납: 전체 가산세가 미납세액의 50%까지 늘어남 → 고지를 받기 전에 스스로 정정해 납부하는 것이 한도 면에서 유리합니다
과다납부했으면 어떻게 하나요?
당월 납부할 세액에서 조정하거나 환급을 신청합니다. 원천징수이행상황신고서의 환급세액 조정란에서 전월미환급세액으로 이월해 당월 징수세액과 상계하고, 상계하고도 남는 금액은 신고구분의 환급신청란에 표시해 세무서에서 직접 돌려받습니다.
이월해도 몇 달간 상계되지 않을 것으로 예상되면 환급신청이 자금 부담을 줄입니다. 다만 환급신청을 하면 세무서가 내역을 확인하는 절차가 뒤따르므로, 근로자별 정산 자료를 함께 준비해 두는 편이 좋습니다.
지급명세서도 함께 수정해야 하나요?
이미 제출한 지급명세서의 내용이 달라졌다면 수정 제출해야 합니다. 원천징수이행상황신고서는 총액을, 지급명세서는 소득자별 내역을 제출하는 서류이므로 두 자료의 금액이 맞지 않으면 사후검증 대상이 됩니다.
지급명세서 제출과 관련한 가산세는 원천징수 가산세와 별개로 「소득세법」에 규정되어 있습니다. 제출 주기와 가산세율은 소득 종류에 따라 다르고 최근 개정이 잦으므로, 「소득세법」 제164조, 제164조의3과 제81조의11의 현행 조문을 확인하시기 바랍니다.
수정신고에 따른 분개는 어떻게 하나요?
원천징수한 세액은 예수금으로 계상해 두었다가 납부 시 제거합니다. 가산세는 회사가 부담하는 비용이므로 예수금이 아니라 별도의 비용 계정으로 처리합니다. 원천세 납부는 「부가가치세법」상 재화나 용역의 공급이 아니므로 세금계산서 수수 대상이 아닙니다.
(1) 소득 지급 시 원천징수 (2026.5.20., 사업소득 지급)
| 차변 | 금액 | 대변 | 금액 |
| 지급수수료 | 60,000,000 | 예수금 | 2,000,000 |
| 보통예금 | 58,000,000 |
(2) 누락분 본세 납부 (2026.9.10.)
| 차변 | 금액 | 대변 | 금액 |
| 예수금 | 2,000,000 | 보통예금 | 2,000,000 |
(3) 가산세 납부 (2026.9.10.)
| 차변 | 금액 | 대변 | 금액 |
| 세금과공과 | 100,480 | 보통예금 | 100,480 |
가산세는 「법인세법」 제21조 제1호에 따라 손금에 산입하지 않으므로, 결산에서 비용으로 계상했다면 세무조정에서 손금불산입(기타사외유출)합니다.
| 조정 항목 | 금액 | 조정 유형 | 소득처분 |
| 원천징수 납부지연가산세 | 100,480 | 손금불산입 | 기타사외유출 |
자주 묻는 질문
Q. 원천세를 늦게 내면 무신고가산세도 붙나요? A. 붙지 않습니다. 원천징수는 과세표준을 신고하는 절차가 아니므로 「국세기본법」 제47조의2 무신고가산세와 제47조의3 과소신고가산세가 적용되지 않고, 제47조의5의 원천징수 등 납부지연가산세만 부과됩니다.
Q. 가산세는 최대 얼마까지 늘어나나요? A. 「국세기본법」 제47조의5 제1항은 전체 한도를 미납세액의 100분의 50으로 정하면서, 기본분 3%와 법정납부기한 다음 날부터 납부고지일까지의 기간분을 합한 금액은 100분의 10을 한도로 하고 있습니다. 고지 전에 자진납부하는 단계에서는 10%가 실질 상한입니다.
Q. 세액 변동이 없는데도 수정신고를 해야 하나요? A. 귀속연월이나 소득구분을 잘못 기재했다면 정정해야 합니다. 납부세액은 같아도 연말정산 대상 연도와 지급명세서 종류가 달라지므로, 그대로 두면 근로자의 세액과 대사 자료가 어긋납니다.
Q. 근로자에게서 원천징수를 하지 않고 회사가 대신 납부하면 어떻게 되나요? A. 회사가 부담한 세액은 근로자에게 이익을 준 것이므로 손금 인정과 소득처분에서 별도 판단이 필요합니다. 사안에 따라 결론이 갈리므로 국세법령정보시스템의 예규를 확인하거나 관할 세무서에 질의해 처리하시기 바랍니다.
Q. 원천세 수정신고에도 가산세 감면이 있나요? A. 「국세기본법」 제48조 제2항의 수정신고 감면은 제47조의3 과소신고가산세를 대상으로 하는데, 원천세에는 과소신고가산세가 적용되지 않습니다. 다만 같은 조 제1항의 정당한 사유에 따른 부과 제외는 모든 가산세에 적용되므로, 개별 사안의 감면 가능 여부는 관할 세무서에 확인하시기 바랍니다.
Q. 지방소득세도 함께 수정하나요? A. 특별징수분 지방소득세는 위택스를 통해 지방자치단체에 별도로 신고·납부하므로, 원천세를 수정하면 지방소득세도 함께 정정해야 합니다.
Q. 가산세를 비용으로 처리하면 법인세가 줄어드나요? A. 줄지 않습니다. 「법인세법」 제21조 제1호에 따라 의무 불이행으로 납부한 가산세는 손금에 산입하지 않으므로, 세무조정에서 손금불산입합니다.
본문의 조문은 국가법령정보센터(law.go.kr)의 「국세기본법」·「법인세법」 원문과 대조해 작성했습니다. 납부지연가산세의 이자율은 「국세기본법 시행령」이 정하며 개정될 수 있으므로 계산 전에 현행 이자율을 확인하시기 바랍니다. 원천세 수정신고에 대한 「국세기본법」 제48조 제2항 감면의 적용 여부는 사안에 따라 판단이 갈릴 수 있으므로 관할 세무서 또는 국세상담센터(126)에서 확인하시기 바랍니다. 지급명세서와 간이지급명세서의 제출 주기 및 가산세율은 개정이 잦으므로 현행 조문 확인이 필요합니다.
최종 확인: 2026년 8월 기준 「국세기본법」, 「법인세법」, 「소득세법」
함께 읽으면 좋은 글
- 신고서 작성 항목과 제출 기한 → 「2026년 원천징수이행상황신고서 작성 항목과 제출 기한」
- 가산세의 손금불산입 처리 → 「결산 수정분개 체크리스트 6가지」
'Tax' 카테고리의 다른 글
| 가지급금 인정이자 적수 계산과 조정명세서 작성 순서 (0) | 2026.09.07 |
|---|---|
| 대표이사 가수금 회계처리와 정리 방법 4가지 (분개 사례) (0) | 2026.09.01 |
| 2026년 원천징수이행상황신고서 작성 항목과 제출 기한 (0) | 2026.08.29 |
| 가지급금 인정이자 계산 예시와 세무조정 (분개 사례) (0) | 2026.08.27 |
| 부가세 납부기한 연장 요건 4가지, 신청은 3일 전까지 (2026년) (0) | 2026.08.19 |